De toren van de kerk is eigendom van de gemeente Enschede. De kerkzaal, het schip, is eigendom van de Protestantse Gemeente van Enschede. Deze heeft het beheer van het schip overgedragen aan de Stichting Schip Grote Kerk. Om haar taak te kunnen uitvoeren heeft de stichting de exploitatie van het gebouw in handen gegeven van het Enschedees Wilmink Theater. Daarnaast vinden in het gebouw de laatste weer regelmatig kerkdiensten met een speciaal karakter plaats.
Op deze manier lukt het om het gebouw voor de stad Enschede in stand te houden en een bijdrage te leveren aan het cultuuraanbod en de kerkelijke activiteiten in de gemeente.